Mengenal SARS-CoV-2 dan Next Generation Sequencing

Lantas bagaimana dengan varian baru dari Covid 19 yaitu Omikron? Varian baru ini memunculkan sejuta pertanyaan mengapa ini bisa terjadi? apa penyebabnya? Dan factor apa yang mempengaruhi virus varian baru ini mengalami mutasi dari virus yang sebelumnya ? tentu saja ini menjadi pertanyaan yang cukup serius dikalangan ilmuan.

Mutasi yang dialami virus merupakan bentuk adaptasi dari pola perubahan lingkungan agar tetap survive di inangnya. Pemeliharaan lingkungan yang sustainable dengan mengedepankan prinsip alam bagian dari kita, dan kita bagian dari alam dengan kehidupan yang selaras perlu ditingkatkan demi terciptanya keseimbangan ekosistem.

Uji klinis dalam upaya untuk mencegah persebaran covid-19 terus dilakukan seperti isolasi kultur jaringan, deteksi antibodi dan reverse transcription polymerase chain reaction (RT-PCR). Uji klinis yang dipakai hingga saat ini untuk mendeteksi SARS-CoV-2 adalah PCR (polymerase chain reaction) test. 

Tes molekuler seperti RT-PCR sekarang dianggap sebagai salah satu metode yang baik jika dibandingkan dengan uji yang lain dalam mendiagnosis infeksi saluran pernapasan akibat virus. sampel yang diambil berupa lendir hasil swab secara nasoparingeal dan pemeriksaan menggunakan metode RT-PCR. Pengujian RT-PCR untuk deteksi coronavirus telah mengalami modifikasi dari bentuk konvensionalnya, yaitu berdasarkan deteksi dan kuantifikasi sinyal fluoresens yang dihasilkan selama amplifikasi dan tidak memerlukan pemrosesan post amplifikasi sehingga lebih tidak menghabiskan waktu. Penggunaan RT-PCR relative murah dan lebih sensitif untuk pendeteksian virus. Namun pada tes PCR, deteksi didasarkan pada penargetan wilayah genom yang bersifat conserved dan adanya mutasi dapat menyebabkan berkurangnya sensitivitas atau menimbulkan hasil negatif palsu. Pengujian pada RT-PCR berdasarkan beberapa primer dan probe yang terletak di berbagai wilayah genom SARS-CoV-2.

Next Generation Sequencing (NGS) telah terbukti menjadi salah satu metode yang mampu mendeteksi virus. persentase cakupan luas genom yang diperoleh melalui pemetaan read atau contigs ke dalam genom referensi dapat berfungsi sebagai bentuk deteksi virus. teknologi NGS memungkinkan pengurutan secara simultan dari sejumlah besar sampel dan dapat digunakan untuk deteksi dan karakterisasi agen pada sampel tunggal. Penggunaan NGS untuk mengetahui sekuens genom virus dengan jumlah sampel yang besar lebih menguntungkan jika dibandingkan dengan teknologi sebelumnya seperti amplifikasi PCR atau hibridisasi microarray. Kedua metode ini, yaitu PCR dan microarray dinilai kurang efisien karena bergantung pada primer spesifik. 

Lantas bagaimana upaya perlindungan diri yang harus diterapkan? Menjalankan prinsip 5M seperti memakai masker, mencuci tangan, menjaga jarak, menjauhi kerumunan, dan mengurangi mobilitas merupakan langkah yang paling efektif dan efisien dalam melindungi diri kita dari penyebaran covid-19 dengan varian-varian barunya. Selain itu, vaksin menjadi senjata utama untuk membentuk imun tubuh dengan baik secara alami. Kegiatan masyarakat untuk pemutusan penyebaran Covid-19 juga terus diupayakan berupa 3T yaitu tes Covid-19 (testing), penelusuran kontak erat (tracing), dan tindak lanjut berupa perawatan pada pasien Covid-19 (treatment).

Sumber: