Kemudian dilanjut dengan Tol Jakarta–Tangerang yang rampung tahun 1984. Tol Surabaya–Gempol, selesai 1986.
Ruas Dalam Kota Semarang ABC, selesai 1988. Ruas Jakarta–Cikampek (72 km), menyusul setelahnya yaitu 1988.
Ruas Tangerang–Merak (72 km), selesai pada 1992, menghubungkan Merak–Jakarta kemudian pembanguan tol ini terhenti.
Masih di era Soeharto, pada tahun 1995 pemerintah terus melanjutkan pembangunan jalan tol hingga akhirnya terhenti saat memasuki krisis moneter tahun 1997.
Dengan sisa kemampuan finansial yang ada, hanya dilanjutkan beberapa ruas saja, seperti Jakarta Outer Ring Road dan Palimanan–Kanci, bypass Cirebon.
Kemudian kepemimpinan Soeharto runtuh. Kebangkitan pembangunan Tol Trans Jawa kembali hidup ketika Presiden SBY memimpin.
SBY pula yangnmembentuk Badan Pengatur Jalan Tol (BPJT) di bawah Kementerian PUPR lalu memulai kembali pembangunan jalan tol di Pulau Jawa termasuk melanjutkan proyek era Soeharto yang belum rampung seperti Seksi Kanci–Pejagan dan ruas Surabaya–Mojokerto.
Hingga akhirnya masuk ke era kepemimpinan Presiden Jokowi, proyek Jalan Tol Trans Jawa terus berlanjut. Dimulai dengan merampungkan ruas Cikampek–Palimanan sepanjang 116 km.