Sementara itu untuk program Pascasarjananya, Universitas Bung Hatta menawarkan program studi unggulan pada Magister Teknik Sipil dengan Konsentrasi Manajemen Risiko Bencana kerjasama dengan BNPB RI. Program ini sesuai dengan visi Universitas Bung Hatta yang menjadikan kampus yang siaga bencana.
Selain itu juga pada program Pascasarjana terdapat juga Magister Pengelolaan Sumber Daya Perairan Pesisir Dan Kelautan (PSK2K), Ilmu Hukum, Manajemen, Teknik Arsitektur, Pendidikan Bahasa dan Sastra Indonesia dan program keahlian PPArs yang berkerjasmaa dengan Ikatan Arsitektur Indonesia (IAI).